In oktober 1944 werd in het gebouw van het klooster Brunshausen door de nazi's een concentratiekamp (KZ Bad Gandersheim) ingericht. Het was een buitenkamp (Außenlager) van het kamp Buchenwald bij Weimar. Dwangarbeiders moesten er onder onmenselijke omstandigheden vliegtuigonderdelen voor de Heinkel-vliegtuigfabrieken maken. Tot de gevangenen hier behoorde de Franse schrijver Robert Antelme, die er in zijn boek De menselijke soort verslag van deed. Ook zijn vrouw, Marguerite Duras, schreef hier een boek over. Het kamp werd in april 1945 opgeheven. De overgebleven gevangenen moesten een dodenmars maken naar Dachau. Slechts 180 à 200 gevangenen overleefden dit. Kort voor de bevrijding heeft de SS tussen Bad Gandersheim en Clus nog 40 gevangenen in een bos bijeengedreven en vermoord. Een ander werkkamp voor Oost-Europese vrouwelijke krijgsgevangenen ontstond rondom de in 1935 opgerichte Gandersheimer Flachsröste GmbH, met de grootste rootakker voor vlas van geheel Duitsland. De vlasvezels werden verwerkt tot o.a. parachutes voor de Fallschirmjäger, die o.a. op 10 mei 1940 Nederland en België aanvielen.

In de periode 1946-1950 vond een stadsuitbreiding plaats. Deze was nodig, omdat veel Heimatvertriebene, Duitsers, die het Pools geworden Silezië hadden moeten verlaten, in de stad een nieuw onderkomen hadden gekregen, en huizen nodig hadden.

In maart 1974 vonden gemeentelijke herindelingen plaats. Bij die gelegenheid werden de dorpen Ackenhausen, Altgandersheim, Clus, Dankelsheim, Dannhausen, Ellierode, Gehrenrode, Gremsheim, Hachenhausen, Harriehausen, Heckenbeck, Helmscherode, Seboldshausen, Wolperode en Wrescherode, die voordien zelfstandige gemeentes waren, onderdeel van Bad Gandersheim.