In het begin van de zeventiende eeuw vestigden de eerste Joodse families zich in Nijkerk. Zij kochten land aan in de omgeving en hielden zich bezig met de tabaksteelt. De Joodse gemeenschap van Nijkerk was rond 1650 al zo groot dat er een begraafplaats op Hoogstraten gekocht werd. De huidige Nieuwstraat heette in die tijd de 'Jodenbreestraat'.In de tweede helft van de zeventiende eeuw verlieten vele Joodse tabakstelers de plaats, maar de komst van een belangrijke Joodse familie van Italiaanse afkomst in het eerste decennium van de achttiende eeuw gaf een nieuwe impuls aan de plaatselijke tabaksindustrie en aan de Joodse gemeenschap.De synagogediensten, die aanvankelijk in het 'Huijs met de Bijenkorf' aan de Koetsendijk plaats vonden en na 1728 in een andere privéwoning, werden gehouden volgens de Sefardische gebruiken. De Nijkerkse Joodse gemeente was de enige Italiaans-Joodse gemeenschap in Nederland.

In het begin van de achttiende eeuw kwamen er ook Hoogduitse Joden naar Nijkerk. Zij waren behalve in de tabaksteelt en -handel ook werkzaam in de vleeshouwerij. De eerste jaren voegden ze zich bij de reeds bestaande Italiaanse gemeente, maar toen hun aantal toenam organiseerden ze aparte synagogediensten in een privéwoning.In 1761 dienen de Hoogduitse Joden een verzoek in om een synagoge te mogen bouwen. Hoewel het verzoek ingewilligd werd, ging de nieuwbouw niet door. In plaats daarvan werd de zolder van een pakhuis aan de Singel verbouwd en tot 1801 als synagoge gebruikt.De statuten van de Hoogduitse Joodse gemeente van Nijkerk dateren van 1778. De begraafplaats 'de Korte Dood' aan de Oude Amersfoortseweg tussen Nijkerk en Nijkerkerveen werd twee jaar later aangekocht. Op Hoogstraten werd vlak bij de oude begraafplaats uit rond 1650 een tweede dodenakker ingericht.In 1801 werd er aan de Singel een nieuwe synagoge van de Hoogduitse gemeente plechtig ingewijd. De Hoogduitse gemeente bleef groeien, terwijl tegelijkertijd de Italiaanse gemeente in omvang afnam. Dit is voor het Opperconsistorie aanleiding geweest om aan te dringen op een fusie die, na aanvankelijk verzet van Italiaanse zijde, in 1808 een feit wordt. Toch kwam er pas omstreeks 1844 een einde aan de synagogediensten volgens de Sefardische ritus. De nog uit Italië meegebrachte Torarol werd overgedragen aan de Hoogduitse gemeente en de Italiaanse synagoge werd in gebruik genomen als school en vergaderzaal; eerder had het Joodse onderwijs plaatsgevonden in het huis van de godsdienstonderwijzer.In 1848 werd een officiële Joodse school opgericht, waar twee jaar later ook niet-Joodse vakken ingevoerd werden. Later verhuisde de school naar een gebouw in de Kloosterstraat.In de loop van de negentiende eeuw kreeg Nijkerk naam als centrum van Tora- en Talmoedstudie. Deze traditie werd voortgezet tot in de twintigste eeuw. Naast een kerkenraad, een kerkbestuur en een penningmeester voor het Heilige Land waren er in Nijkerk diverse genootschappen actief die zich bezighielden met studie, het verzorgen van begrafenissen en het onderhoud van de synagoge. Ook was er een vrouwengenootschap en een leenfonds voor detailhandelaars. De Israëlitische Hulpkas te Nijkerk dateert van 1885 en in 1936 werd er nog een ontspannings- en gezelligheidsvereniging opgericht.In het begin van de twintigste eeuw liep het aantal gemeenteleden terug. Toch werd de synagoge in 1926 ter gelegenheid van het 125-jarig bestaan nog gerestaureerd.Aan de vooravond van de Tweede Wereldoorlog woonden er nog enkele tientallen Joden in Nijkerk. In de winter van 1940-'41 werd het gebruik van de synagoge gestaakt na een inval door Duitse militairen. Later werd het gebouw zwaar beschadigd door een granaatinslag. De Joodse gemeenschap hield zo veel en zo lang mogelijk haar diensten in de school aan de Kloosterstraat. In april 1943 werden alle Nijkerkse Joden overgebracht naar het kamp Vught en van daar gedeporteerd naar het oosten. Slechts enkelen hadden tevoren weten onder te duiken en hebben aldus de oorlog overleefd. Van de gedeporteerden keerde vrijwel niemand terug.Na de oorlog is het Joodse leven in Nijkerk niet hervat. De resten van de synagoge zijn in 1954 verkocht en later verbouwd tot bedrijfsruimte. In 1962 is de Joodse gemeente Nijkerk officieel opgeheven en bij die van Amersfoort gevoegd. In dat jaar zijn ook de beide Joodse begraafplaatsen op Hoogstraten geruimd. De begraafplaats aan de Oude Amerfoortseweg wordt tegenwoordig onderhouden door de burgerlijke gemeente.