Uit een oorkonde van Elisabeth van Breda en Arnoud van Leuven, de toenmalige Heer van Breda, blijkt dat in het midden van de dertiende eeuw de toen bestaande kerk door een nieuwe werd vervangen. De volgende belangrijke gebeurtenis vindt plaats in 1303. Raso II van Gaveren, Heer van Breda, verheft de kerk tot een collegiale kerk. Vanaf dat moment wordt de kerk bestuurd door een kapittel, eerst bestaande uit acht en later uitgebreid tot twaalf of dertien kanunniken. Als halverwege de veertiende eeuw, Jan I van Polanen zich als Heer van Breda ook daadwerkelijk vestigt in Breda begint voor Breda en voor de Grote Kerk een bloeiperiode. Het hoogtepunt van deze bloeiperiode wordt bereikt tijdens de heerschappij van Engelbrecht II van Nassau en Hendrik III van Nassau, beide hoge functionarissen aan het Habsburgse Hof. 

 

Aan deze oudste periode, de veertiende eeuw, herinneren de twee grafmonumenten voor respectievelijk Jan I van Polanen en Jan II van Polanen. Beide staan in de noordelijke kooromgang, echter niet op hun oorspronkelijke plaats. Oorspronkelijk stond het grafmonument van Jan I van Polanen in de in 1372 gestichte grafkapel aan de noordzijde van het koor. Deze kapel zou in 1410 worden uitgebreid tot het zogenaamde Herenkoor, het koor voor de Heren van Breda. Op het grafmonument van Jan I van Polanen ligt hij zelf, overleden in 1378, temidden van zijn eerste en tweede vrouw, Oeda van Hoorne en Machteld van Rotselaar. Zijn derde vrouw is later bijgezet. Jan II van Polanen, overleden in 1394, ligt nu op een sarcofaag in een nis in de muur van de kooromgang. Het monument is hier naartoe verplaatst bij de uitbreiding van de kerk in het begin van de zestiende eeuw, toen de kooromgang werd gebouwd, samen met de huidige Prinsenkapel aan de noordzijde en de Niervaartkapel aan de zuidzijde van de kerk.

 

Verschillende monumenten in de kerk herinneren nog aan de vijftiende eeuw, de regeringsperiode van de Graven Engelbrecht I van Nassau, zijn zoon en opvolger Jan IV van Nassau en zijn kleinzoon Engelbrecht II van Nassau. In de noordelijke kooromgang verrijst het meer dan acht meter hoge grafmonument van de echtparen Engelbrecht I van Nassau en Johanna van Polanen en Jan IV van Nassau en Maria van Loon.  In totaal sieren 32 familiewapens van voorouders het monument. Aangenomen wordt dat het monument stamt uit het laatste kwart van de vijftiende eeuw.

 

In de Franciscuskapel aan de noordzijde begint zich het eveneens uit de vijftiende eeuw stammende grafmonument van een onbekende. Het is een sarcofaag met dekplaat, waarop het naakte lichaam van een man ligt op een met een dunne doek bedekte dodenmat. De dodenmat ligt opgerold onder het hoofd. Tegen de achterwand zijn boognissen geplaatst die geflankeerd worden door contreforten. De zij en achterwanden van deze nissen zijn uitgevoerd met gotische vensters en stergewelven. Vaak is gesuggereerd dat het hier het graf van de bouwmeester van de kerk betreft. Hiervoor ontbreken echter de bewijzen.

 

In de eerste helft van de zestiende eeuw beleeft de Grote of O.L.V. Kerk het hoogtepunt van haar bloei. Graaf Hendrik III, Heer van Breda neemt een toonaangevende plaats in aan het hof van Keizer Karel de V. Zijn zoon René van Chalon, Prins van Oranje en Heer van Breda zal te jong sterven om carrière te maken. Zijn neef Prins Willem I van Oranje zal weer een belangrijke positie innemen en in de Nederlandse geschiedenis een bijzondere en toonaangevende rol spelen. Omstreeks 1520-1525 wordt het Herenkoor uitgebreid met een nieuwe kapel, de huidige Prinsenkapel. In 1526 wordt begonnen aan de bouw van de kooromgang die tien jaar later gereed komt. Graaf Hendrik III van Nassau had besloten voor zijn vader en moeder in de Prinsenkapel een grafmonument op te richten. Voor de bouw van dit grafmonument en de aanleg van de grafkelder had men zeven jaar nodig, van 1531 tot 1538. De gewelfschilderingen in de Prinsenkapel waren al eerder gereed gekomen, namelijk in 1533.

 

Dankzij zijn rijkdom kon de Heer van Breda er een grote hofhouding op na houden. De leden van de hofhouding woonden en werkten in Breda en werden daar ook begraven. In de kooromgang van de Grote of O.L.V. Kerk getuigen meerdere vroegrenaissance epitafen aan deze bloeiperiode van het hof in Breda. Joris van Froenhuijsen, Nicolaas Vierling, Jan van Hulten, Jan van Dendermonde heer van Borgnival en een onbekende hebben ieder hun eigen vroegrenaissance grafmonument aan de muur hangen. De monumenten worden vaak vergeleken met werk van Cornelis Floris. Tegen de oostelijke scheidingsmuur van het koor is het grafmonument geplaatst van Frederik van Renesse. De achterwand van dit monument wordt gesierd door zeven medaillons voorstellende de zeven smarten van Maria. In de Franciscuskapel hangt tegen de westelijke muur het grafmonument van Dirk van Assendelft en Adriana van Nassau. Tegen de achterwand is het laatste oordeel afgebeeld en daarboven is het verhaal van Mozes en de koperen slang te zien.

 

Aan de bloeiperiode kwam abrupt ene einde toen in 1566 de grote of O.L.V. Kerk werd getroffen door de beeldenstorm.

 

De laatste begrafenis in de Grote of O.L.V. Kerk vond op 16 november 1828 plaats. Een algemeen verbod tot begraven in de kerk werd met ingang van 1 januari 1829 van kracht. 

 

Tijdens werkzaamheden aan de kerkvloer trof men vóór het Engelbrecht I - monument een overwelfde grafkelder aan. De kelder werd aangelegd voor 1475 en in de jaren daarna zijn er diverse voorvaderen van ons Koninklijk Huis in bijgezet. Vanaf de laatste bijzettingen (vermoedelijk aan het begin van de zestiende eeuw) tot 1996 is de grafkelder slechts eenmaal geopend (1873)

 

Meer dan 200 grafstenen, uit de vijftiende tot en met de negentiende eeuw, bedekken de vloer van de kerk.