De bezetter beschouwde en behandelde de Van Heutszkazerne, centraal gelegen, enorm in omvang en goed te gebruiken door de voorzieningen die erin zaten, als militaire oorlogsbuit. Ze gebruikten het voor alles en nog wat waarvoor ruimte nodig was. Uitrustende krijgsonderdelen, het trainen en onderbrengen van Nederlanders in ‘foute’ krijgsdienst. En ze gebruikten de kazerne als politieke gevangenis waarin verzetsmensen of anderen die om een of andere reden gearresteerd waren in op te sluiten.

De donkerste dagen van de Van Heutszkazerne zijn zonder enige twijfel de periode november 1944 – april 1945. De nazi’s vervoeren in de hongerwinter ongeveer 120.000 Nederlandse jongens en mannen af in het kader van de Arbeitseinsatz. Ongeveer 33.000 daarvan worden vervoerd per schip via Kampen om te voet of per trein door te gaan naar Zwolle, Wezep en verder naar het oosten.

De wantoestanden tijdens de gevangenetransporten in de kazerne in die maanden zijn met geen pen te beschrijven. Om de zieken uit deze transporten te halen en te behandelen, zetten de Kamper ziekenhuisartsen Kehrer en Kolff samen met de tien huisartsen van Kampen en IJsselmuiden en het Rode Kruispersoneel een systeem van noodziekenhuizen op in en rond de stad 

Kolff met name ontpopt zich als verzetsman die zijn medische roeping optimaal gebruikt om mensen hun lot voor tewerkstelling onder de nazi’s te laten ontlopen. Op het Van Heutszplein selecteert hij op 11 november 1944 ter plekke 1200 mensen uit een transport van 11.000 Rotterdammers die ‘ziek’ zouden zijn. In werkelijkheid zijn 800 hiervan niet ziek maar lid van het verzet, joods of anderszins in gevaar. Kolff laat ze via de noodziekenhuizen en het Stadsziekenhuis (waar geen Duitse bewaking is) ontsnappen door ze in sommige gevallen zelfs symptomen van ziekten te geven, zonder dat ze echt ziek zijn.

Na de bevrijding van Kampen op 17 april 1945 draaien de rollen om. De NSB’ers en andere Duitsgezinden worden nu in de Van Heutszkazerne opgesloten. Bekend is de foto van politiechef Boesveld die door de KP met enige agressie in een woedende menigte op het Van Heutszplein wordt opgebracht en gevangengezet in de kazerne. De kazerne krijgt zelfs een eigen gevangeniscommandant.

Een van de gevangenen die er in september 1945 opgesloten zit, is Sofia Maria Schafstadt, een vrouw uit de Veen Valckstraat, lid van de NSB. Ze wordt levensbedreigend ziek en om haar ziekte te verhelpen door dokter Kolff op 11 september 1945 behandeld met de kunstmatige nier (dialyse). Ze herstelt dankzij deze ingreep, en is daarmee de eerste patiënt ter wereld die dankzij dialyse overleeft. Het is het begin van een glansrijke carrière van Kolff als medisch uitvinder.

Als in 1947 het tijdelijke rechtssysteem van na de oorlog heeft gesproken, raakt de Van Heutszkazerne leeg en keert de oorspronkelijke beschikbaarheid voor het Nederlandse leger terug.