Aangezien de naam Veenhuizen onlosmakelijk verbonden is met de Maatschappij van Weldadigheid en de daar uit voortgekomen strafinrichting, gaat iedereen er van uit dat het dorp in de eerste helft van de negentiende eeuw is ontstaan. In werkelijk blijkt Veenhuizen al veel ouder en gaat de geschiedenis terug tot de middeleeuwen.

Vanaf 1823 is inderdaad veel van het huidige Veenhuizen tot stand gekomen. Een dorp met drie gestichten voor bedelaars en landlopers, woningen voor ambtenaren, een kaarsrechte vaart en een even kaarsrechte verkaveling. Begraafplaatsen werden ook aangelegd, ondermeer in 1831 een centrale begraafplaats, ook wel het vierde gesticht genaamd. Daarnaast legde de Maatschappij nog een kleine Joodse begraafplaats aan, maar die is maar tot 1862 in gebruik geweest. Er rest nog slechts één stèle.

 

Voordat het huidige Veenhuizen ontstond, was er echter al een dorp met die naam. Het dorp werd gesticht aan de rand van een immens veengebied. Het dorp lag behoorlijk geïsoleerd en had een lange agrarische geschiedenis voordat de Maatschappij van Weldadigheid zich hier vestigde. De eerste tekenen van bewoning dateren uit de veertiende eeuw. Veenhuizen was een op akkerbouw gerichte ontginning, iets ten noorden van het huidige dorp. In de zestiende en zeventiende eeuw zijn er pogingen ondernomen om het omliggende gebied commercieel geschikt te maken voor de turfwinning. Waar het elders in Friesland of Drenthe wel lukte om de turfwinning rendabel te maken, ging het rondom Veenhuizen mis door zware concurrentie, onderlinge ruzies en om financiële redenen. Zo bleef "Venehuisen" een klein boerendorp, vallend onder het grotere dorp Norg. Het omringende gebied bleef woest, dunbevolkt en nagenoeg onontgonnen. Totdat in 1818 de eerste grond werd aangekocht voor het vestigen van een kolonie voor landlopers en bedelaars. In de buurt van de oude buurtschap verrees het zogenaamde derde gesticht. Vanaf dat moment verdween het oude dorp nagenoeg uit de geschiedenis. Een boerderij uit de achttiende eeuw herinnert nog aan de tijden voordat de Maatschappij het land in ontginning nam.

Op een oude kaart uit 1639 is een gebouw aangegeven dat mogelijk de kerk verbeeldt. Op een kopie van deze kaart uit 1794 staat ter plekke wel duidelijk een kerk met kerkhof afgebeeld. De verveningen in het gebied en de activiteiten van de Maatschappij van Weldadigheid hebben nauwelijks iets van het oorspronkelijke landschap overgelaten.

Volgens overlevering zou het dorp ooit bestaan hebben uit 70 erven. Het is aannemelijk dat de kwaliteit van de grond na ontginning van het veen met de jaren afnam en steeds minder boeren een boterham kon bieden. Ook de waterhuishouding werd door de ontginningen steeds slechter waardoor veel boeren het op een gegeven moment voor gezien hielden.

De kapel zou rond 1600 al afgebroken zijn en de stenen zouden gebruikt zijn voor de pastorie van Norg.

Bij opgravingen in 1896 werden op de plek van het Spaansch Kerkhof schedels en beenderen aangetroffen. In 1938 trof men opnieuw menselijke resten aan en ook werden kloostermoppen en resten van metselwerk gevonden. In de jaren zeventig van de twintigste-eeuw werden wederom menselijke resten aangetroffen, naast kloostermoppen, stukjes gekleurd glas, dakpannen en tegeltjes.

De naam van de heuvel hangt wellicht samen met een verblijf van Spaanse troepen in de Tachtigjarige Oorlog. Soldaten zouden hier verwoestingen hebben aangericht en er werden volgens de overlevering zelfs enkele Spaanse soldaten hier begraven. Dat dit niet de enige verklaring voor de naam is, blijkt uit het feit dat de naam mogelijk verwijst naar het Keltische woord Spanie, wat het land der afgestorvenen betekent.

Hoe het ook zij, na de komst van de Maatschappij van Weldadigheid in 1823 zijn de gronden in de verre omgeving drastisch gewijzigd waardoor weinig meer met zekerheid te zeggen is.