Aan het einde van de zeventiende eeuw vestigden de eerste Joden zich in Harlingen. In de loop van de achttiende eeuw groeide het aantal Joden dat het poorterschap verwierf tot rond de twintig. Zij waren afkomstig uit alle windstreken, de meesten van hen waren werkzaam als handelaar, straatventer en ritueel slachter.

Al in de jaren zestig van de achttiende eeuw was er sprake van een georganiseerde Joodse gemeente, waarbinnen gezamenlijke godsdienstoefeningen werden gehouden.

Aanvankelijk werd er gebeden in een privéwoning en op de zolder van een pakhuis; eind 1812 werd een synagoge ingewijd aan de Raamstraat.

De oudste nog leesbare grafschriften op de Joodse begraafplaats langs de Stadsmuur aan de Willemskade wijzen erop dat deze begraafplaats al in het midden van de achttiende eeuw in gebruik werd genomen. Armenzorg en liefdadigheid waren in handen van de Joodse gemeente.
Na de burgerlijke gelijkstelling nam het ledental van de Joodse gemeenschap gestaag toe. Dit hing tevens samen met de economische opbloei van de plaats. Vanaf 1830 viel de Joodse gemeente van Franeker onder het gezag van die van Harlingen. Sommige Joden namen actief deel aan het openbare leven van Harlingen, maar geen van hen bracht het tot een functie in het stadsbestuur. Naast een Joodse school telde de Joodse gemeente van Harlingen ook diverse genootschappen, waaronder een begrafenisgenootschap, een vrouwengenootschap en een afdeling van de Alliance Israélite Universelle. Van de vijf leden van het kerkbestuur was er één tevens penningmeester van de belangenvereniging voor het Heilige Land.
De synagoge werd zowel in 1877 als in 1897 gerestaureerd en uitgebreid. De oude begraafplaats aan de Willemskade werd in 1870 gesloten. Een deel van de algemene begraafplaats aan de huidige Begraafplaatslaan, bij de watertoren, werd tot Joodse begraafplaats bestemd. Dit gedeelte werd in 1909 uitgebreid.

De meeste Joden die rond 1900 in Harlingen leefden waren actief in de handel en de slachterij of als borstel- of sigarenmaker. Ondanks hun betrekkelijke welvaart liep het aantal leden van de Joodse gemeente in het begin van de twintigste eeuw snel terug door de trek naar de grote steden. Toch werden er in die periode nog een nieuw vrouwengenootschap en een toneelvereniging opgericht.

Tijdens de bezetting zijn in de loop van 1942 en 1943 alle Joodse inwoners van Harlingen gedeporteerd en vermoord. De synagoge werd getroffen tijdens een bombardement. De Torarollen en de rituele voorwerpen, die reeds verstopt waren, zijn onbeschadigd gebleven en na de oorlog overgebracht naar Israël. In 1947 is de Joodse gemeente Harlingen opgeheven en bij die van Leeuwarden gevoegd.

De oude begraafplaats aan de Willemskade werd in 1953 geruimd,. De stoffelijke resten zijn overgebracht naar de nieuwe begraafplaats. Hier herinnert sinds 1965 een gedenksteen aan de omgebrachte Joodse plaatsgenoten. De begraafplaats wordt tegenwoordig door de plaatselijke autoriteiten onderhouden.

Ook in de Raamstraat, op de plek waar eens de synagoge stond, is een gedenkteken aan gebracht.
Ook op het eiland Terschelling woonden in de negentiende eeuw een aantal Joden. Tegen het einde van de eeuw hebben zij het eiland weer verlaten.