De eerste berichten omtrent Joods leven in en rond Maastricht dateren uit de dertiende eeuw. Deze in omvang aanzienlijke gemeenschap werd in de eerste helft van de veertiende eeuw, toen een periode van vervolgingen de streek teisterde, vernietigd.

Tot de burgerlijke gelijkstelling van 1796 liet het stadsbestuur van Maastricht alleen Joden toe die economisch voordeel brachten. De minder kapitaalkrachtigen vestigden zich in het nabijgelegen dorp Eijsden.

Ondanks tegenwerking op velerlei gebied groeide de Joodse bevolking van Maastricht zodanig, dat in 1782 de eerste openbare synagogedienst gehouden kon worden in een privéwoning aan de Markt. Nadat de Fransen in 1794 het land binnengetrokken waren werd de Joodse gemeente officieel erkend. Men kreeg toestemming om synagogediensten te houden in een privéwoning achter het stadhuis tussen de Hoenderstraat en de Koeslingestraat.

In het begin van de negentiende eeuw groeide de Joodse gemeente van Maastricht bijzonder snel. Daarom was het al in 1809 noodzakelijk om voor de godsdienstoefeningen een pand te huren aan de Kleine Gracht. De meeste Joden woonden in de directe omgeving van dit nieuwe synagogegebouw. De gemeente had nauwe banden met Joodse gemeenten in Duitsland. Aanvankelijk was Maastricht onder Frans bestuur ingedeeld bij het Consistorie van Krefeld. Bij de ressortale herindeling werd Maastricht echter aangewezen als residentie van de opperrabbijn van Limburg, Luik en Luxemburg, met inbegrip van Brussel. De slechte economische omstandigheden en de streng orthodoxe opvattingen droegen er toe bij dat er tot 1860 een zeer frequente wisseling van (opper)rabbijnen was. Het eerste reglement van de Joodse gemeente, dat dateerde uit 1816, werd in 1861 vervangen door een modernere versie.

Met financiële steun van de stedelijke autoriteiten, de rijksoverheid en koning Willem I werd in 1839 aangevangen met de bouw van een imposante synagoge in de Capucijnengang bij de Bogaardenstraat. Het gebouwencomplex, dat tevens het rituele bad, de school en de kosterswoning omvatte, werd in augustus 1840 ingewijd. De Joodse school was al in 1833 opgericht.

Tot 1812 werden de doden op de begraafplaats aan de Maagdendries begraven. Daarna werd een Joodse begraafplaats in gebruik genomen aan de Tongerseweg in het dorp Wolder, dat deel uitmaakte van de gemeente Oud-Vroenhoven. Aan het einde van negentiende eeuw bestonden er in Maastricht naast een kerkbestuur en een kerkenraad de volgende verenigingen: een armbestuur, een vrouwengenootschap voor steun aan arme kraamvrouwen, een genootschap tot hulp aan reizigers en passanten en een vereniging voor het bezoeken van zieken en het organiseren van de jaarlijkse diensten op sterfdagen.

Tegen het einde van de negentiende eeuw begon, net als in de rest van Limburg, het ledental van de Joodse gemeente Maastricht terug te lopen. Toch bleef de Joodse gemeente van Maastricht aanzienlijk van omvang, in de jaren dertig bloeide ze zelfs op door de komst van een groot aantal Joodse vluchtelingen uit Oost-Europa en Duitsland. Tussen 1900 en 1940 zijn er in de stad nog een gezelligheidsvereniging, een begrafenisgenootschap en een jeugdvereniging opgericht. De meeste Joden waren werkzaam in de handel of hadden een winkel, daarnaast waren er enige handwerkslieden en fabrikanten.

Aan het begin van de bezetting ontstond er in Maastricht nog een zionistische jongerenorganisatie. Aanvankelijk genoten de Joodse inwoners van de stad de bescherming van de plaatselijke politie en van een deel van hun stadgenoten. In september 1941, toen de Joodse kinderen werden uitgesloten van openbaar onderwijs, werd in Maastricht een Joodse lagere school opgericht, die tot aan het eind van de deportaties gefunctioneerd heeft. Tussen juni 1942 en april 1943 werd het grootste deel van Joodse bevolking van Maastricht opgepakt, gedeporteerd en vervolgens omgebracht. In de omgeving van Maastricht dook een aanzienlijk aantal Joden, voornamelijk afkomstig uit het noorden van het land, onder. Door verraad werden veel Joden, die zich vanuit Maastricht via België in veiligheid trachtten te brengen, opgepakt.

Gedurende de bezetting is de synagoge geplunderd en gebruikt als opslagplaats. Het meubilair werd zwaar beschadigd, de rituele voorwerpen werden gered. In 1965 bleek alsnog dat het archief van de Joodse gemeente Maastricht behouden was.

Na de bevrijding werd het Joodse leven in Maastricht hervat en in 1952 werd de synagoge weer in gebruik genomen. In de zestiger jaren vond er een restauratie plaats en werd de synagoge opnieuw ingericht met meubilair uit de synagoge van Meerssen.

In 1986 fuseerden de Joodse gemeenten van Heerlen, Maastricht en Roermond tot de NIHS Limburg. Bij de herdenking van het honderdvijftigjarig bestaan van de synagoge in 1990 werd een plaquette onthuld. Sinds september 2001 functioneert Ya'akov Shapiro als rabbijn van de NIHS Limburg.

De Joodse begraafplaats in Maastricht werd in 1996 door vrijwilligers opgeknapt. Op 30 oktober 2005 werd er op de Joodse begraafplaats een gedenksteen onthuld voor de ruim 45 Joodse kinderen uit Maastricht die zijn omgekomen in de Tweede Wereldoorlog.