Rond 1840 vestigden de eerste Joodse handelaren zich in de turfkolonie Emmen. Aanvankelijk werden zij gerekend tot Joodse gemeente van Coevorden, maar hun aantal nam zo snel toe dat Emmen in 1876 door het Nederlands Israëlitisch Kerkgenootschap als zelfstandige gemeente erkend werd. In 1878 werd een synagoge ingericht, die in de volgende decennia nog enige malen vergroot zou worden. De Joodse gemeente had van 1885 tot 1915 de beschikking over een eigen begraafplaats, gelegen aan het Oranjekanaal in de richting van het gehucht Westeres. In 1915 werd achter de synagoge aan de Julianastraat een nieuwe begraafplaats in gebruik genomen. Er was in Emmen een Joodse godsdienstschool, een studiegenootschap voor mannen en een vrouwengenootschap voor het onderhoud van het synagoge-interieur. In twintiger jaren van de twintigste eeuw was er ook een Joods toneelgroepje actief in Emmen.Aanvankelijk hielden de meeste Joodse inwoners van Emmen zich bezig met de handel tussen de boeren en de stad. Later hadden ze winkels, voornamelijk in de belangrijkste winkelstraat van Emmen. Toch waren de economische omstandigheden niet onverdeeld gunstig, rond de eeuwwisseling was ongeveer een vijfde van de Joden in Emmen afhankelijk van ondersteuning. Gedurende de bezetting werden in Emmen dezelfde anti-Joodse maatregelen als elders van kracht. Het merendeel van de Joden werd in 1942 gedeporteerd naar Polen en vervolgens omgebracht. Enkele tientallen onderduikers overleefden de oorlogsjaren. De synagoge diende als opslagplaats voor Joodse bezittingen en is vrijwel onbeschadigd gebleven.

Na de oorlog werd er in Emmen weer een kleine Joodse gemeente opgericht. In 1974 werd de synagoge aan de Julianastraat aan de plaatselijke gemeente verkocht voor een symbolisch bedrag. Een jaar later werd het gebouw gerestaureerd. Ook in 1994 kreeg de synagoge een opknapbeurt. Twee gedenkplaten in de synagoge dragen de namen van de omgekomen Joodse inwoners van de plaats.

Momenteel functioneert het gebouw af en toe als synagoge voor de Nederlands Israëlitische Gemeente Drenthe. In mei 2000 werd in de Julianastraat bij de synagoge een monument onthuld ter nagedachtenis aan de Joodse oorlogsslachtoffers. Tijdens Grote Verzoendag van datzelfde jaar werd een bomaanslag gepleegd op de synagoge. Een jaar later werd het gebouw, geheel hersteld, weer ingewijd.

Ook het dorp Nieuw-Amsterdam (Veenoord) had vanaf 1899 een eigen synagoge. Hoewel er herhaaldelijke malen bij het N.I.K. een verzoek is ingediend om Nieuw-Amsterdam als zelfstandige gemeente te erkennen is dit niet toegestaan. Wel had het dorp aan de Boerdijk een eigen Joodse begraafplaats, die tegenwoordig onderhouden wordt door de gemeente Sleen.